Odată cu arestarea a început "marea tragedie". Isus Îşi adunase ucenicii în jurul Său în grădina Ghetsimani de pe muntele Măslinilor, şi îndată "pe când vorbea El încă, a venit Iuda, unul din cei doisprezece şi împreună cu el a venit o mulţime de oameni cu săbii şi cu ciomege, trimişi de preoţii cei mai de seamă, de cărturari şi de bătrâni". Printre mai marii preoţi se afla unul al caror nume e amintit în Evanghelii: Ana. L-au dus întâi la Ana, caci el era socrul lui Caiafa, care era mare preot în anul acela. Şi Caiafa, care era cel ce daduse iudeilor sfatul acesta: "Este de folos să moară un singur om pentru norod." Iosif ben Caiafa fusese numit mare preot de către procuratorul roman Valerius Gratus pastrând această demnitate şi sub succesorul acestuia, Pontius Pilat.
După ce a fost arestat, Isus a fost dus înaintea Marelui Sfat- Sanhedrinul - care în acel timp era cea mai înaltă autoritate evreiască în problemele spirituale ca şi în cele lumeşti. Sanhedrinul era totodată şi cea mai înaltă instanţă judecătorească a evreilor fiind convocat sub Templu, lângă podul care permitea trecerea spre partea mai înaltă a oraşului.
Care au fost motivele condamnarii lui Isus la moarte?
Martin Noth scria:
"Speranţa vechilor profeţi evrei, în venirea unui rege mesianic, se transformase în timpul îndelungatei ocupaţii străine în nădejdea apariţiei unui eliberator politic. Pe cât de puternic era resentimentul evreilor faţă de ocupanţii romani pe atât de fierbinte era dorinţa lor ca să se arate odată eliberatorul mesianic care să-i scape de jugul străin. Privit prin această prismă, Isus din Nazaret nu putea fi în nici un caz Mesia cel aşteptat de ei... Dar dacă Isus din Nazaret nu era Mesia Hristosul, atunci El trebuia să fie un ipostor şi dacă era un impostor, liniştea vieţii religioase a Ierusalimului trebuia salvată prin înlăturarea Lui. Afirmaţia lui Isus că El este Mesia -şi deci conform Vechiului Testament-, Fiul lui Dumnezeu, a fost suficientă pentru a-I atrage condamnarea la moarte, ca blasfemiator."
Legea în vigoare prevedea ca orice sentinţă de condamnare la moarte să fie confirmată de către procuratorul roman, căruia îi aparţinea aşa numitul ius gladii. El era organul care putea îngădui aplicarea pedepsei cu moartea. În acel timp, procuratorul Iudeii era Pontius Pilatus. El e descris de unii contemporani ca fiind un om avid de bani şi setos de sânge, un tiran şi un caracter coruptibil; era crud şi inima lui împietrită nu cunoştea mila. În zilele lui, guvernarea Iudeii a însemnat corupţie, violenţă, jaf, asuprire, nenorocire, execuţii fara judecată de o nelimitată cruzime. Evreii ştiau bine ca Pilat îi ura şi îi dispreţuia. Pilat probabil si-a dat imediat seama ca acuzatul Isus era victima urii dezlanţuite a fariseilor. Acesta putea fi singurul motiv în baza căruia el avea dreptul să le refuze cererea şi să-L achite pe cel învinuit; şi într-adevăr, fără ezitare, Pilat l-a declarat nevinovat. Dar, întarâtată de cărturari şi de preoţii cei mai de seamă, gloata a cerut pedeapsa cu moartea. Pontius Pilat a cedat. Dar, cum se face că acest tiranic duşman al evreilor a dat curs cererii lor?
Evanghelia după Ioan ne oferă o lămurire precisă:
"Dar iudeii strigau: Dacă dai drumul omului acestuia, nu eşti prieten cu Cezarul. Oricine se face pe sine împărat este împotriva Cezarului".
Aceasta era o serioasă ameninţare pentru situaţia lui Pilat, în cazul în care Roma ar fi aflat că el şi-ar fi neglijat funcţia iertând un rebel.
A se face pe sine împărat, însemna trădare faţă de împăratul roman, ceea ce era pedepsit prin Lex Iuliana, cu moartea. Pilat se temea de această ameninţare făţişă fiindcă ştia că evreii sunt gata să meargă până la capăt.
"Când a auzit Pilat aceste vorbe, a scos pe Isus afară şi a şezut pe scaunul de judecător, în locul numit "Pardosit cu pietre", iar evreieşte 'Gabata" . . . Atunci L-a dat în mâinile lor ca să fie răstignit."
Acesta este locul în care Iisus a stat înaintea lui Pilat în timp ce gloata urla afară şi tot aici a avut loc flagelarea. Biciuirea preceda întotdeuana răstignirea, după cum precizează Josephus. Trupul era dezgolit şi biciuit până când carnea însângerată atârna în fâşii.
Apoi, Iisus a fost luat de soldaţii romani pentru a fi crucificat. Cicero califică răstignirea ca drept cel mai crud şi îngrozitor mijloc de execuţie; această pedeapsă capitală tipică romană era necunoscută în codul penal al evreilor. În clădirile curţii soldaţii şi-au dat frâu liber violenţei lor nejustificate faţă de Isus şi L-au îmbrăcat cu o haină de purpură, au împletit o cunună de spini şi I-au pus-o pe cap. Drumul de la tribunal la Golgota a fost scurt "pentru că locul era aproape de cetate". "I-au dat să bea vin amestecat cu smirnă, dar El nu l-a luat". Aceste acte de caritate erau frecvente şi în alte împrejurări. Oricine era condus spre execuţie primea o cană de vin cu smirnă-tămâie ce paralizau simţurile...
Isus însă a refuzat această băutură îndurând în întregime chinul răstignirii pe cruce.